(Bug rapporté par Guillaume Pagel.)

L'ECM suivant met en évidence que la commande \autoref du package hyperref indique une section (au lieu d'un chapitre) lorsque la référence est un chapitre de la partie principale avec table des matières locale automatique :

\documentclass[localtocs]{yathesis}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{hyperref}
\begin{document}
\mainmatter
\chapter{Chapitre ou section ?}\label{chap-ko}
Ce chapitre est référencé comme~\autoref{chap-ko}
\section{Une section}
\end{document}

Comme l'a remarqué Guillaume, la raison en est que les tables des matières locales automatiques sont ajoutées en sous-main par la classe :

• juste après les têtes de chapitre ;
• par le biais d'une section non numérotée ;

si bien que les \label ajoutés après ces \chapter{...} renvoient en fait à ces sections non numérotées.