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conda env create not working in "Getting Symbiflow" #138

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hansfbaier opened this issue Apr 13, 2021 · 23 comments
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conda env create not working in "Getting Symbiflow" #138

hansfbaier opened this issue Apr 13, 2021 · 23 comments

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@hansfbaier
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$ export INSTALL_DIR=/opt/symbiflow

/tmp ⌚ 3:24:59
$ export FPGA_FAM=xc7

/tmp ⌚ 3:25:10
$ bash conda_installer.sh -u -b -p $INSTALL_DIR/$FPGA_FAM/conda;
PREFIX=/opt/symbiflow/xc7/conda
Unpacking payload ...
Collecting package metadata (current_repodata.json): done                                                                     
Solving environment: done

## Package Plan ##

  environment location: /opt/symbiflow/xc7/conda

  added / updated specs:
    - _libgcc_mutex==0.1=main
    - brotlipy==0.7.0=py38h27cfd23_1003
    - ca-certificates==2020.10.14=0
    - certifi==2020.6.20=pyhd3eb1b0_3
    - cffi==1.14.3=py38h261ae71_2
    - chardet==3.0.4=py38h06a4308_1003
    - conda-package-handling==1.7.2=py38h03888b9_0
    - conda==4.9.2=py38h06a4308_0
    - cryptography==3.2.1=py38h3c74f83_1
    - idna==2.10=py_0
    - ld_impl_linux-64==2.33.1=h53a641e_7
    - libedit==3.1.20191231=h14c3975_1
    - libffi==3.3=he6710b0_2
    - libgcc-ng==9.1.0=hdf63c60_0
    - libstdcxx-ng==9.1.0=hdf63c60_0
    - ncurses==6.2=he6710b0_1
    - openssl==1.1.1h=h7b6447c_0
    - pip==20.2.4=py38h06a4308_0
    - pycosat==0.6.3=py38h7b6447c_1
    - pycparser==2.20=py_2
    - pyopenssl==19.1.0=pyhd3eb1b0_1
    - pysocks==1.7.1=py38h06a4308_0
    - python==3.8.5=h7579374_1
    - readline==8.0=h7b6447c_0
    - requests==2.24.0=py_0
    - ruamel_yaml==0.15.87=py38h7b6447c_1
    - setuptools==50.3.1=py38h06a4308_1
    - six==1.15.0=py38h06a4308_0
    - sqlite==3.33.0=h62c20be_0
    - tk==8.6.10=hbc83047_0
    - tqdm==4.51.0=pyhd3eb1b0_0
    - urllib3==1.25.11=py_0
    - wheel==0.35.1=pyhd3eb1b0_0
    - xz==5.2.5=h7b6447c_0
    - yaml==0.2.5=h7b6447c_0
    - zlib==1.2.11=h7b6447c_3


The following NEW packages will be INSTALLED:

  _libgcc_mutex      pkgs/main/linux-64::_libgcc_mutex-0.1-main
  brotlipy           pkgs/main/linux-64::brotlipy-0.7.0-py38h27cfd23_1003
  ca-certificates    pkgs/main/linux-64::ca-certificates-2020.10.14-0
  certifi            pkgs/main/noarch::certifi-2020.6.20-pyhd3eb1b0_3
  cffi               pkgs/main/linux-64::cffi-1.14.3-py38h261ae71_2
  chardet            pkgs/main/linux-64::chardet-3.0.4-py38h06a4308_1003
  conda              pkgs/main/linux-64::conda-4.9.2-py38h06a4308_0
  conda-package-han~ pkgs/main/linux-64::conda-package-handling-1.7.2-py38h03888b9_0
  cryptography       pkgs/main/linux-64::cryptography-3.2.1-py38h3c74f83_1
  idna               pkgs/main/noarch::idna-2.10-py_0
  ld_impl_linux-64   pkgs/main/linux-64::ld_impl_linux-64-2.33.1-h53a641e_7
  libedit            pkgs/main/linux-64::libedit-3.1.20191231-h14c3975_1
  libffi             pkgs/main/linux-64::libffi-3.3-he6710b0_2
  libgcc-ng          pkgs/main/linux-64::libgcc-ng-9.1.0-hdf63c60_0
  libstdcxx-ng       pkgs/main/linux-64::libstdcxx-ng-9.1.0-hdf63c60_0
  ncurses            pkgs/main/linux-64::ncurses-6.2-he6710b0_1
  openssl            pkgs/main/linux-64::openssl-1.1.1h-h7b6447c_0
  pip                pkgs/main/linux-64::pip-20.2.4-py38h06a4308_0
  pycosat            pkgs/main/linux-64::pycosat-0.6.3-py38h7b6447c_1
  pycparser          pkgs/main/noarch::pycparser-2.20-py_2
  pyopenssl          pkgs/main/noarch::pyopenssl-19.1.0-pyhd3eb1b0_1
  pysocks            pkgs/main/linux-64::pysocks-1.7.1-py38h06a4308_0
  python             pkgs/main/linux-64::python-3.8.5-h7579374_1
  readline           pkgs/main/linux-64::readline-8.0-h7b6447c_0
  requests           pkgs/main/noarch::requests-2.24.0-py_0
  ruamel_yaml        pkgs/main/linux-64::ruamel_yaml-0.15.87-py38h7b6447c_1
  setuptools         pkgs/main/linux-64::setuptools-50.3.1-py38h06a4308_1
  six                pkgs/main/linux-64::six-1.15.0-py38h06a4308_0
  sqlite             pkgs/main/linux-64::sqlite-3.33.0-h62c20be_0
  tk                 pkgs/main/linux-64::tk-8.6.10-hbc83047_0
  tqdm               pkgs/main/noarch::tqdm-4.51.0-pyhd3eb1b0_0
  urllib3            pkgs/main/noarch::urllib3-1.25.11-py_0
  wheel              pkgs/main/noarch::wheel-0.35.1-pyhd3eb1b0_0
  xz                 pkgs/main/linux-64::xz-5.2.5-h7b6447c_0
  yaml               pkgs/main/linux-64::yaml-0.2.5-h7b6447c_0
  zlib               pkgs/main/linux-64::zlib-1.2.11-h7b6447c_3


Preparing transaction: done
Executing transaction: done
installation finished.

/tmp ⌚ 3:25:38
$ source "$INSTALL_DIR/$FPGA_FAM/conda/etc/profile.d/conda.sh";

/tmp ⌚ 3:25:46
$ conda env create -f $FPGA_FAM/environment.yml

EnvironmentFileNotFound: '/tmp/xc7/environment.yml' file not found

maybe it meant to say this, but it does not work as well:

$ conda env create -f $INSTALL_DIR/$FPGA_FAM/environment.yml   

EnvironmentFileNotFound: '/opt/symbiflow/xc7/environment.yml' file not found
@hansfbaier
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Author

hansfbaier commented Apr 13, 2021 •
edited

I can find an environment.yml here:
https://github.com/SymbiFlow/symbiflow-docs/issues/476
maybe it meant to say:
$ conda env create -f $INSTALL_DIR/$FPGA_FAM/install/environment.yml
because this seems to work.

@mithro
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Contributor

mithro commented Apr 13, 2021

@hansfbaier - It would be good to figure out why this isn't failing on GitHub Actions?

@mithro
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Contributor

mithro commented Apr 13, 2021

@hansfbaier Also, is this for symbiflow-examples or?

@hansfbaier
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Author

@hansfbaier Also, is this for symbiflow-examples or?

Oh yes, so I filed this issue in the wrong project.

@hansfbaier
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Author

@hansfbaier - It would be good to figure out why this isn't failing on GitHub Actions?
Can you give me a link to that?

@hansfbaier
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Author

I can find an environment.yml here:
https://github.com/SymbiFlow/symbiflow-docs/issues/476
maybe it meant to say:
$ conda env create -f $INSTALL_DIR/$FPGA_FAM/install/environment.yml
because this seems to work.

UPDATE, this does not work either:

$ conda env create -f $INSTALL_DIR/$FPGA_FAM/install/environment.yml 
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done


==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.9.2
  latest version: 4.10.0

Please update conda by running

    $ conda update -n base -c defaults conda



Downloading and Extracting Packages
libssh2-1.9.0        | 269 KB    | ################################################################################### | 100% 
libusb-1.0.20        | 100 KB    | ################################################################################### | 100% 
readline-8.1         | 362 KB    | ################################################################################### | 100% 
importlib-metadata-3 | 33 KB     | ################################################################################### | 100% 
make-4.2.1           | 415 KB    | ################################################################################### | 100% 
pycodestyle-2.6.0    | 38 KB     | ################################################################################### | 100% 
prjxray-tools-0.1_28 | 1.2 MB    |                                                                                     |   0% 
prjxray-tools-0.1_28 | 1.2 MB    | ################################################################################### | 100% 
zachjs-sv2v-0.0.5_00 | 1.1 MB    | ################################################################################### | 100% 
icestorm-0.0_0719_g7 | 13.9 MB   | ################################################################################### | 100% 
pcre-8.44            | 212 KB    | ################################################################################### | 100% 
swig-4.0.2           | 1.1 MB    | ################################################################################### | 100% 
mpfr-4.0.2           | 487 KB    | ################################################################################### | 100% 
nodejs-10.13.0       | 13.0 MB   | ################################################################################### | 100% 
expat-2.3.0          | 158 KB    | ################################################################################### | 100% 
icu-58.2             | 10.5 MB   | ################################################################################### | 100% 
prjxray-db-0.0_248_g | 8.5 MB    | ################################################################################### | 100% 
symbiflow-yosys-0.9_ | 10.7 MB   | ################################################################################### | 100% 
libiconv-1.15        | 721 KB    | ################################################################################### | 100% 
certifi-2020.12.5    | 141 KB    | ################################################################################### | 100% 
gcc-riscv64-elf-newl | 61.4 MB   | ################################################################################### | 100% 
libftdi-1.3          | 169 KB    | ################################################################################### | 100% 
bison-3.7.5          | 708 KB    | ################################################################################### | 100% 
zipp-3.4.1           | 15 KB     | ################################################################################### | 100% 
pkg-config-0.29.2    | 245 KB    | ################################################################################### | 100% 
krb5-1.18.2          | 1.3 MB    | ################################################################################### | 100% 
mccabe-0.6.1         | 14 KB     | ################################################################################### | 100% 
openocd-0.10.0_1514_ | 1.7 MB    | ################################################################################### | 100% 
pyflakes-2.2.0       | 56 KB     | ################################################################################### | 100% 
flake8-3.9.0         | 129 KB    | ################################################################################### | 100% 
openjdk-8.0.152      | 57.4 MB   | ################################################################################### | 100% 
typing_extensions-3. | 25 KB     | ################################################################################### | 100% 
capnproto-0.8.0      | 3.6 MB    | ################################################################################### | 100% 
wheel-0.36.2         | 33 KB     | ################################################################################### | 100% 
libuuid-1.0.3        | 15 KB     | ################################################################################### | 100% 
yosys-0.9_5266_g0fb4 | 10.8 MB   | ################################################################################### | 100% 
m4-1.4.18            | 182 KB    | ################################################################################### | 100% 
cmake-3.19.6         | 6.8 MB    | ################################################################################### | 100% 
libedit-3.1.20210216 | 167 KB    | ################################################################################### | 100% 
mpc-1.1.0            | 90 KB     | ################################################################################### | 100% 
lz4-c-1.9.3          | 186 KB    | ################################################################################### | 100% 
cython-0.29.22       | 1.9 MB    | ################################################################################### | 100% 
tbb-2020.3           | 1.1 MB    | ################################################################################### | 100% 
sqlite-3.35.4        | 981 KB    | ################################################################################### | 100% 
isl-0.21             | 1.5 MB    | ################################################################################### | 100% 
vtr-optimized-8.0.0_ | 69.5 MB   | ################################################################################### | 100% 
zstd-1.4.5           | 619 KB    | ################################################################################### | 100% 
iverilog-s20150603_0 | 2.3 MB    | ################################################################################### | 100% 
setuptools-52.0.0    | 710 KB    | ################################################################################### | 100% 
gcc-riscv64-elf-nost | 16.6 MB   | ################################################################################### | 100% 
libcurl-7.71.1       | 305 KB    | ################################################################################### | 100% 
python-3.7.10        | 45.2 MB   | ################################################################################### | 100% 
openssl-1.1.1k       | 2.5 MB    | ################################################################################### | 100% 
pip-21.0.1           | 1.8 MB    | ################################################################################### | 100% 
flex-2.6.4           | 308 KB    | ################################################################################### | 100% 
libxml2-2.9.10       | 1.2 MB    | ################################################################################### | 100% 
ca-certificates-2021 | 118 KB    | ################################################################################### | 100% 
binutils-riscv64-elf | 9.6 MB    | ################################################################################### | 100% 
libuv-1.40.0         | 736 KB    | ################################################################################### | 100% 
capnproto-java-0.1.5 | 561 KB    | ################################################################################### | 100% 
rhash-1.4.1          | 203 KB    | ################################################################################### | 100% 
cloog-0.18.0         | 565 KB    | ################################################################################### | 100% 
symbiflow-yosys-plug | 6.3 MB    | ################################################################################### | 100% 
bzip2-1.0.8          | 78 KB     | ################################################################################### | 100% 
gmp-6.2.1            | 539 KB    | ################################################################################### | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Installing pip dependencies: \ Ran pip subprocess with arguments:
['/opt/symbiflow/xc7/conda/envs/symbiflow_arch_def_base/bin/python', '-m', 'pip', 'install', '-U', '-r', '/opt/symbiflow/xc7/install/condaenv.qfksz6va.requirements.txt']
Pip subprocess output:

Pip subprocess error:
ERROR: Could not open requirements file: [Errno 2] No such file or directory: 'requirements.txt'

failed

CondaEnvException: Pip failed

@mithro mithro transferred this issue from chipsalliance/f4pga Apr 13, 2021
@mithro
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Contributor

mithro commented Apr 13, 2021

I transferred this issue to the correct repo? What OS are you on? I assume a RedHat Linux?

@mithro
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Contributor

mithro commented Apr 13, 2021 •
edited by unfurl-links bot

The GitHub Action which is probably closest to your workflow is https://github.com/SymbiFlow/symbiflow-examples/runs/2328966429?check_suite_focus=true

GitHub
GitHub is where people build software. More than 56 million people use GitHub to discover, fork, and contribute to over 100 million projects.

@mithro
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Contributor

mithro commented Apr 13, 2021 

00:25:45 | + export INSTALL_DIR=~/opt/symbiflow
00:25:45 | + export FPGA_FAM=xc7
00:25:45 | + bash conda_installer.sh -u -b -p $INSTALL_DIR/$FPGA_FAM/conda

@mithro
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Contributor

mithro commented Apr 13, 2021

@hansfbaier Did you follow these steps?

git clone https://github.com/SymbiFlow/symbiflow-examples
cd symbiflow-examples

?

@hansfbaier
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Author

@hansfbaier - It would be good to figure out why this isn't failing on GitHub Actions?
Can you give me a link to that?

I transferred this issue to the correct repo? What OS are you on? I assume a RedHat Linux?
No, Ubuntu

DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=20.04
DISTRIB_CODENAME=focal
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 20.04.2 LTS"

@hansfbaier
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Author

@hansfbaier Did you follow these steps?

git clone https://github.com/SymbiFlow/symbiflow-examples
cd symbiflow-examples

?

No, sorry, I skipped reading that and straight went to the headline 'Toolchain installation'.
I was not aware the prerequisites were part of the installation (because I skipped reading those).

@mithro
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Contributor

mithro commented Apr 13, 2021

@hansfbaier - I can totally see how you could do that with the current documentation.

@mithro
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Contributor

mithro commented Apr 13, 2021

@hansfbaier It is probably better if the documentation was clear that the command was conda env create -f <symbiflow-examples-repo>/$FPGA_FAM/environment.yml somehow.

@hansfbaier
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Author

Thanks!

@hansfbaier
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Author

@hansfbaier - I can totally see how you could do that with the current documentation.

Yes, it happens when you get up at three in the morning because of trouble sleeping after the neighbors made a heck of a noise :D

@hansfbaier hansfbaier mentioned this issue Apr 13, 2021
Open
@mithro
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Contributor

mithro commented Apr 13, 2021

I think your mistake is totally reasonable.

@mithro mithro reopened this Apr 13, 2021
@mithro
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Contributor

mithro commented Apr 13, 2021

I'm going to leave this open to solve that issue.

@carlosedp
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Contributor

carlosedp commented Apr 15, 2021 •
edited by unfurl-links bot

Also it would be important to add to the documentation a step to install the Python modules with:
pip3 install -r ./${FPGA_FAM}/requirements.txt as Conda didn't install it on my Docker container.

I keep getting ModuleNotFoundError: No module named 'simplejson' and other missing module errors.

The Dockerfile is on: https://gist.github.com/carlosedp/1f9119e0645e842e474ec1a67b5aed7e

Gist
Dockerfile.symbiflow. GitHub Gist: instantly share code, notes, and snippets.

@mithro
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Contributor

mithro commented Apr 15, 2021

@carlosedp - It sounds like you are using the wrong Python executable. The conda calls pip to install the requirements.txt at https://github.com/SymbiFlow/symbiflow-examples/blob/9a114c44c02c396b8e75812d8d21785ae3e3f84d/xc7/environment.yml#L17-L19

Did you activate / source the conda environment in your shell?

@carlosedp
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Contributor

Changed my base image to the non Python3 one and also activated it in the shell. Worked fine.

@mithro
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Contributor

mithro commented Apr 15, 2021

I'm confused because I'm pretty sure we only support Python 3 and not Python 2?

@carlosedp
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Contributor

I believe it makes no difference since Conda installs it's own Python3.
Don't think changing the image made a difference here.
What fixed is moving the environment activation to it's script that is called on container start.

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